跟您說個概念好了~!
第一. 您的mysql不會管您所使用的編碼是哪一種,存入資料庫的資料是依據您的程式而定.
第二. 目前可以找到兩種編碼互換的程式,您可以自行轉換您想架設的這兩種套件的編碼.

至於,Mysql charset 如果用Big5 確實可以減少衝碼的麻煩(不過還是一樣有衝碼的機會),但是目前如果您是Unix-Like作業系統建議您還是轉用UTF-8.
還有,如果存入Mysql的資料原本如果是BIG5 也可以在備份後將備份的檔案直接用程式轉換成UTF-8 再存回去/