序章 起波瀾仇皇現世 入魔掌兄弟失散
雖然有了各自的生活，但兄弟兩個還是決定每半年在安慶城的客棧會面一次。江小魚老早就到了，可江無缺（他是應該改姓“江”了，不過叫著有些彆扭）卻姍姍來遲。言談中江小魚想引起兄長對“仇皇殿”這個新出現在江湖上卻發展迅猛的組織的重視，無奈江無缺的心思全在剛出生不久的兒子江雲身上，江小魚只好讓他先回去。
江無缺離開安慶返回居處——昆侖山仙雲棧，回到昆侖山後遇到不少仇皇殿門徒，江無缺隱隱感到事情不妙，急忙想趕回山頂的仙雲棧，卻被一個叫胡夫人的神秘女子攔住並傳送至太虛異界。太虛異界地形十分複雜，如果不找到“指路石”就很難找到出口。在這裏先後遇到鐵心蘭、邀月宮主、江楓夫婦後，就可撿到指路石（指路石在路邊的一個包袱裏）。根據指路石的箭頭指示前進，快到出口處時指路石會壞掉，再往上走遇到太虛異界的守護獸，打敗它後就可破解胡夫人的異術回到現實中。
回到仙雲棧，江無缺發現妻子鐵心蘭已被仇皇殿門徒逼落懸崖，想起曾經相伴相隨的往昔，不禁感慨萬千。打敗這一眾門徒後仇皇殿主出現，雖然他仗著人多欲殺江無缺，但仍然不是江無缺的對手。最後他使出了卑鄙手段，用江雲的性命來要脅江無缺，江無缺只好任其擺佈。
再說江小魚，與兄長分手後也要回居處——桃花穀，突然一種不祥的預感出現，江小魚馬上趕到昆侖山仙雲棧，卻來晚一步，只找到江無缺送給鐵心蘭的玉簪，上面沾滿血跡……
第一章 魔神纏身未為意 認賊作父渾不覺
一晃8年過去了，江小魚的兒子小蝦江瑕在桃花谷裏快樂成長。一日父子二人決定去殺危害百姓的山豬王，到了桃花穀大樹旁，江小魚特意使計叫江瑕去把山豬王引出來，江瑕為不被父親恥笑只好前往。
在山豬洞的最裏邊，江瑕發現個小女孩被綁在那裏，上前解救她並打敗圍攻的山豬後（必須把周圍的山豬全部幹掉），山豬王出現，江瑕帶著小女孩向洞外跑，把山豬王引到桃花穀大樹下，不料江小魚的陷阱卻沒有困住山豬王，無奈只好戰鬥。山豬王實力很強，只要支撐過10個回合就能脫離戰鬥逃出。
江瑕帶著小女孩順利逃脫山豬王的追擊，小女孩告訴江瑕自己叫若湖，道謝後離去。江瑕又回到桃花穀大樹下找江小魚，以其人之道還其人之身——叫江小魚去引山豬王，自己來做陷阱。怎樣才能挖一個可以困住山豬王的陷阱呢？江瑕想起母親蘇櫻處有鑽地木人正好可用。回到桃花谷魚兒居，母親說鑽地木人久未使用，其中已無火油，叫江瑕去旺伯處取一些。旺伯卻得了風濕起不了床，江瑕只好再回去找母親為旺伯配藥。蘇櫻告訴江瑕要治旺伯的病需要健步散，配製健步散要當歸、白芍、獨活三味藥，叫江瑕到穀中尋找，同時江瑕也就學會了調配技能。穀中野生草藥甚多，但要找到蘇櫻所說的這三樣藥並不容易，當歸在桃花谷入口下方的一個岔道上，獨活在桃花穀中有石碑的三岔路口向右的神龕旁，白芍在桃花穀大樹通往山豬洞道路的岔路盡頭神龕旁，找到這三樣藥材後回去見母親蘇櫻，蘇櫻就會配出健步散給江瑕，然後就可找旺伯要火油了。拿到火油後再回去找母親取得鑽地木人，接著到桃花穀大樹下，輕輕鬆松就挖了一個大陷阱。被江小魚引來的山豬王掉進陷阱，化成人形（山神摩迦羅）。戰鬥中江小魚會指點江瑕一些戰鬥技巧，摩迦羅被擊敗後又化為山豬，但最終還是被江小魚父子打敗。獲勝後江瑕學到識破技能。忽然山豬的屍體發出一道光芒，嵌入江瑕的額頭，江瑕也昏了過去，江小魚覺得事有蹊蹺，但在沒弄清楚原委之前他決定先不對蘇櫻和江瑕講。江瑕蘇醒後同江小魚一起把山豬王屍體帶給村長，然後回到家中。蘇櫻發現江瑕身上的傷痕，自然少不了要和江小魚理論。
鏡頭切換到赤血巨木，解星恨和仇心柳為找碧血玉來到這裏。整個赤血巨木就是個巨大的天然迷宮，到達樹頂後仇心柳射出火脂箭引來竊脂，將其打敗後得到碧血玉，這樣就可回仇皇殿複命了。在正殿見過胡夫人後再去地牢找仇讎，地牢就在正殿左邊。到地牢後仇讎告訴解星恨綁在那裏的江無缺就是他的殺父仇人，要他殺死江無缺報仇，可解星恨卻感覺心裏難受無法下手。回到自己的住處，解星恨對江無缺一事始終無法釋懷，決定夜探地牢查個究竟。解星恨的住處在正殿右側，一直向左走就可以，由於是蒙面前往，碰到巡邏的仇皇殿門人會引發戰鬥。地牢的正門鎖住，打敗附近一個守衛就可得到鑰匙。在地牢裏，解星恨不停地詢問江無缺卻無法得到任何有用的消息，看到江無缺的傷口在流血竟不自覺地替他醫治，這一切被仇心柳看到，她想以此威脅解星恨卻反被威脅。
貪睡的江瑕被蘇櫻叫起床，他今天約軒轅巧巧和熊霸在安慶城見面。見到巧巧後她求江瑕幫忙尋寶，說只要找到神偷余百手藏在城中的5件寶物——黃金鳳紋杯、雙瞳玉、玲瓏血髓、赤雨晶和琥珀觀音，餘百手就會教她妙手之術。此時巧巧加入隊伍，由於她對寶物有超過常人的感知能力，所以一定要讓她在隊伍最前列，這樣才能看到隱藏的寶物（要將軒轅巧巧作為領隊，顯示出的人物應該是軒轅巧巧才對。方法是打開隊伍功能表，選排列，將江瑕和軒轅巧巧換位置即可，注意不是在螢幕下方的四方格中換位置，在此換位置只影響戰鬥時隊伍成員的前後排站位）。
琥珀觀音就在江瑕與巧巧對話處後面的街角，可惜被一塊大石頭擋住。二人決定找熊霸將石頭打破取寶。熊霸就躺在安慶城右街武揚鏢局的門口，食量大的他已經餓得走不動路了，要他出力只好替他去找好吃的——止不住涎豆腐腦和百味包子。百味包子可在安慶北市集的天香樓買到，止不住涎豆腐腦要到南市集豆腐西施賽飛燕處得到。吃飽後的熊霸加入隊伍，按上文方法將熊霸排在隊首可輕鬆打破巨石得到琥珀觀音。另外4件寶物——玲瓏血髓在南市集的西瓜車上、黃金鳳紋杯在安慶城西北民居門口的木桶裏、雙瞳玉在安慶客棧二樓的花瓶裏、赤雨晶在安慶北市集東邊的屋簷下（如果軒轅巧巧在隊首，寶物所在處會閃光，即使巧巧不在隊首，如果滑鼠點到寶物隱藏處仍有手形顯示）。找到5件寶物後到余百手居，餘百手只好依照約定教巧巧妙手之術，並指點很多在戰鬥中的使用方法。從餘百手家出來碰到巧巧的父親軒轅三光，不過父女兩個似乎話不投機，於是巧巧三人決定到熊霸父親所開之武揚鏢局過一夜。
在桃花谷魚兒居，蘇櫻為江瑕的夜不歸宿很擔心，夫妻兩個正閒聊，忽然接到署名江無缺發出的信箋，要江小魚到昆侖山仙雲棧一敘。江小魚雖知事情蹊蹺，但為找尋兄長還是決定前往。第二天早上江小魚找到江瑕，要他回谷去陪蘇櫻，但江瑕他們卻決定跟蹤江小魚。
3人跟蹤江小魚到昆侖山，在K近仙雲棧的山路上遇到一個神秘樵夫，樵夫和他們打賭，要和3人比試，如果3人輸了必須下山。此戰必輸，江瑕只好下山，在山腳碰到了仇讎和仇皇殿門人，江瑕3人再次上山，發現神秘樵夫原來是江小魚所扮。於是4個人到仙雲棧查看，這時暗處飛來很多暗器，江小魚為保護3個孩子不受傷害為暗器所中跌落懸崖。
江瑕發瘋似地趕往穀低，昆侖山下就是惡人谷，在谷口江瑕遇到一個失去記憶的女人——曲無憶（呵呵，這個人很面熟呀）。在谷裏並沒有找到江小魚的屍體，江瑕認為父親已死，不敢去面對母親蘇櫻，就留在惡人谷居住。
第二章 新雙驕風華初現 眾玉女情思暗種
又是7年過去，解星恨跟隨風行騅學藝已有小成，學會禦劍飛行之術。下山回到仇皇殿，仇讎要他去滅點蒼派，而仇心柳一定要跟隨。
追蹤點蒼派的內應來到四海鎮，在四海客棧裏碰到店老闆刁難一個少女（顧小纖），解星恨為之出頭，仇心柳卻因吃醋而離開。第二天早上仍不見仇心柳出現，解星恨連忙到處尋找，在城裏碰到一個婦人戴著仇心柳的發簪，一路打探，在城最上方西北民居的傅家小姐等處得到很多有用的資訊。來到四海鎮外，如果此時顧小纖的行商能力達到二級，會碰到點蒼門人所扮的神秘商人，得知仇心柳被點蒼派抓走關在延維塔中（延維塔在四海鎮右東南方）。進入延維塔後，先後擊敗生、老、病、死4個房間裏的敵頭目，到達塔的頂樓擊敗守衛，救下仇心柳得到點蒼掌門手諭。離開延維塔來到點蒼派，在點蒼派過道裏遭遇水影仙子華紫音。擊敗華紫音後，她會割下自己的長髮當作了結另一個自我後離開。最後來到點蒼掌門人房，擊敗並殺死點蒼掌門人謝英華即可。
惡人谷，依附在江瑕身上的山神摩迦羅魂魄又一次發作，江瑕頭痛欲裂，身邊的若湖只好割腕滴血在江瑕身上減輕痛苦。江瑕醒轉之後，到哈哈兒客棧二樓的鬼房間，在那裏找到鬼師傅的指令，要他晚上到惡人谷中央廣場來學藝。回住處睡到晚上，起身來到中央廣場，鬼師傅出現，打贏他後得到一本武功秘笈和本月鬼指令。此時江瑕如果到廣場下方望月台，可看到若湖在台頂吸收月華補充靈氣以免現出原形。
本月鬼指令要求江瑕幫助就要被天吃星趕出居處的曲無憶，此時若湖會加入隊伍。若湖有諸語的能力，可與動物交談。來到曲無憶房間，正見到天吃星在算花賬逼曲無憶還錢，江瑕答應替曲無憶還錢（可到城北五雷坡練功賺錢），然後到哈哈兒客棧找天吃星還錢就是。
回到自己居處的江瑕倒頭大睡，醒來後不見若湖，江瑕覺得很不對勁，就四處尋找（在天吃星、曲無憶處都可得到有用資訊，在曲無憶處可拿到若湖為自己做的早餐）。在望月臺江瑕見到若湖的寵物光鼠，光鼠把他帶到仙狐洞。到仙狐洞後先拿取洞外岔路上的火狐之須，而後通過結界進入仙狐洞。在洞裏見到若湖，若湖問了江瑕很多奇奇怪怪的問題，原來是穀中的小狐仙胡瑛假扮若湖在搞惡作劇。這時真的若湖出現，她告訴江瑕為報救命之恩她才在江瑕身邊陪伴了7年，如今7年之期已滿，她必須回仙狐洞。為了能使若湖留在自己身邊，江瑕去見火狐長老並答應為其除去虎精（與火狐長老身後的巨大狐狸對話就會被傳到虎精處），消滅虎精後江瑕和若湖即被傳回惡人谷。
返回惡人谷後，發現江小魚的墳墓被破壞，在邊上還有一封信，要江瑕出谷去調查江小魚的血案，出發之前可到曲無憶等人處拿取物品。
出了惡人谷來到安慶城，又碰上軒轅巧巧和熊霸。4人到客棧投宿，多年不見，巧巧的習性還是沒改，她偷了武當山的寶物被武當門人追殺，4個人跑到九秀山莊避難，又因為在莊主女兒黑惜鳳洗澡時誤入其房中而被關到冰窖（實際上是因為黑惜鳳喜歡江瑕，而九秀山莊的冰窖歷來都有關未來丈夫的傳統……）。冰窖中的通路有很多巨大冰塊擋路，K巧巧的尋寶和熊霸的破石技能找到足夠的火把融化冰塊才可逃出，最後來到一個房間內見到冰山雪猿 ..
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