由于周边生物时钟具有自主性的发现，使得「时差」这种现象变得更容易理解。虽然体内的间距计时器就像马表一样，可以在瞬间进行调整，但日变周期对于白昼长短或时区的急遽变化，则需要好些天甚至几周的时间才能适应。新的光周期会逐渐重新设定SCN时钟，但体内其他的时钟则未必能亦步亦趋，于是，我们的身体不只是单纯地落后而已，而是同时间有十来个各不相同的落后步调。

时差不会一直持续下去；理论上，所有不同的计时器终究都会调整成一致的步伐。但是对轮班的工作者、夜生活爱好者、大学生以及其他夜猫子来说，则面临更糟的时间困境；他们可以说是「生理上的两面人」。就算他们在白天有充分的时间阖眼，但其内在韵律仍然受到SCN的管辖；因此，身体内在的功能仍然在夜里「睡着」。美国俄勒岗健康科学大学的陆伊说：「你可以随自己的意思早一点或晚一点上床睡觉，但你可不能随意就让褪黑激素早一点或晚一点分泌；皮质醇及体温的变化也一样。」

在此同时，这些人的饮食及运动习惯，也可能将他们身体周边的时钟给重新设定，其相位与睡–醒周期或光暗周期完全不同。由于同时间内身体里有那么多不同的时区并存，也难怪从事轮班制工作的人较常出现心脏病、抱怨胃肠道不适，还有想当然耳，睡眠障碍的病例。

四时皆宜的时钟

飞越时区造成时差及从事轮班制工作，是在短时间把内在日变时钟与外界光暗周期或睡–醒周期的相位搅乱的特殊情况；但同样的情事可能在每年季节变换时都会发生，只不过没那么突然罢了。研究显示，虽然人们就寝的时间会有所变动，但早晨起床的时间一年到头却相当固定；通常是受到他们的狗、小孩、父母或是事业所逼。许多生活在纬度较高地区的人，到了冬季会在天亮前2~3小时起床。因此，他们的睡–醒周期与他们从太阳光得来的讯号，就差了好几个时区。

白昼的长度与日常生活的不协调，可能造成一种称为「季节性情绪失常」（SAD）的症候群。单是美国一地，每年从10月到3月之间，每20位成年人当中就可能有一位罹患SAD，出现体重增加、冷漠及疲倦等抑郁的症状。住在北方的人出现这种情况，要比住南方的人常见10倍。虽然SAD是季节性出现的毛病，但某些专家怀疑，这其实是日变周期出了问题。陆伊的实验显示，SAD病人在冬天如果能睡到天亮才起身，将可脱离抑郁之苦。以他的观点，SAD不尽然是种病症，而是睡–醒周期随着季节韵律而产生的适应。陆伊说：「如果我们能随着季节改变每日的作息时间，可能就不会出现季节性抑郁了。要是我们不能做到日出而作、日入而息，问题也随之出现。」

现代社会之所以不怎么重视季节韵律的变化，部分原因是人类属于对季节最不敏感的生物之一。比起其他动物所经验的年度周期变化，好比冬眠、迁徙、蜕毛及交配等，SAD根本不算什么。交配尤其是动物主要的节拍器，所有其他的季节性周期都跟着它走。这些季节性周期可能也受到日变时钟的调节，该时钟具有侦测白天及夜晚长度变化的能力；譬如说，冬季的漫漫长夜经由SCN及松果腺的感知及转换，会延长了褪黑激素的分泌，反之到了夏季，褪黑激素的分泌也就缩短。曼内克说：「仓鼠可以分辨白昼长度为12小时及12小时15分钟的差别，它们的睾丸只有在白昼稍长一点的时候才生长，否则萎缩。」

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