第一千零四十条
共同财产制关系消灭时，除法律另有规定外，夫妻各取回其订立共同财产制契约时之财产。
这条文中的法律另 ..

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1.第1040条，共同财产制关系消灭时，除『法律另有规定外』...
例如：
（1）第1039条：夫妻之一方死亡时
（2）第1012条：变更约定财产制
（3）第1009～1011条等...
2.第1040条，共同财产制关系消灭时，除『法律另有规定外』包括第1039条，夫妻之一方死亡时的情形。也就说，『一方死亡，生存之一方不是先取回订立契约时之财产，而是取得共同财产之半数』。
我想楼主可能将前提弄错了，这两条的前提是夫妻已经约定『共同财产制』。
1039条的意思应该是说，虽然约定夫妻虽约定共有财产制，在夫妻一方死亡的情形，仍有夫妻财产分配请求权的适用。
而1040条的意思是说，共同财产制关系消灭时有特别规定时先依特别规定，无其他规定，夫妻得各先取回特有财产（1040Ⅰ），之后再分配共有财产（1040Ⅱ）。

举例来说：
甲乙为夫妻，结婚前甲有财产300万，乙有财产100万，两人于98年结婚时约定为一般共有财产制，甲于99年中死亡，遗留财产为98~99年间劳力取得之财产100万，乙另继承财产500万。假设，甲之继承人仅有甲父、乙二人。

以这个例子来说，两人之共有财产为1000万
(1)
乙先取回婚前100万，
余900万作夫妻财产分配再取得450万
剩下450万与甲父平分再取得225万
所以一共取得775万

(2) 1000万之半数归乙→取得500万
半数与甲父平分→取得250万。一共取得750万。

哪个是对的呢，还是都错了，乱了乱了...

1.法定财产制以婚前财产及婚后财产作为区分，但是夫妻共有财产制是以特有财产及共有财产作为区分。所以在本题中婚前财产没有什么实质意义。
2.乙继承之500万是否为特有财产？
依民法1031条之1第2项规定：以赠与人书面声明为准。
3.所以如果乙受赠之遗产赠与人未书面声明为乙之特有财产，则
  甲乙共有财产为1000万，甲死亡后，500万归属于乙，甲之继承人为甲父、乙， 依民
  法1144条规定，甲父、乙各继承250万。
  所以甲父应继承250万，乙得主张750万之权利。
4.如果乙受赠之遗产赠与人以书面声明为乙之特有财产，则
  甲乙共有财产为500万，甲死亡后，250万归属于乙，甲之继承人为甲父、乙， 依民
  法1144条规定，甲父、乙各继承125万。
  所以甲父应继承125万，乙得主张375万之权利。

呃...再延续上面的例子问个问题，如果今天是甲乙两人离婚，乙继承之遗产也不是特有财产，离婚时怎样主张权利呢？

是依第1040条，甲先取回300万，乙取回100万，剩下600万再一人一半吗?