嚴謹說，奇門遁甲依功能不同可分三派，一是「法術奇門」，二是「方位奇門」，三是「占卜奇門」。

《法術奇門》是偏向玄學符籙的應用，本身具有神祕色彩，常見施法者手持劍訣，腳踩七星陣，進行劃符念咒的儀式，或施行土遁、雲遁、水遁...等神祕的陣法，包括日本忍術，據傳也是由中國《法術奇門》流傳過去的。
《法術奇門》雖充滿神祕色彩，但據紀曉嵐《閱微草堂筆記》記載，它在傳至宋清遠時，就已失佚了，後人既使有人學會，也是從殘篇斷簡中拚湊出來，可信度不高，所以至今仍舊成迷。

而《方位奇門》與《占卜奇門》則是目前奇門遁甲較流行的二門科目，尤其是《方位奇門》，更是整部奇門遁甲精華所在，據加拿大易經學院研究顯示，它可說一部理論架構相當完備的時空磁場學，由於實用度高，自古以來，就廣受人們喜愛，尤其歷代軍事家用之行軍佈局頗多，如果牛刀小試將它用在現代人身上，方位奇門更可突顯其多采多姿的應用性，不管是第一次出門、求財、約會、購物、推銷、旅遊、談判、休閒、健康...等，都可利用方位移動所造成的奇門感應，來幫助現代人心想事成，萬事如意，來達到真正造福人群的實務。