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http://scc.bookzone.com.tw...asp?ser=934新加坡基因體研究所根據自行解出的5條SARS病毒的序列,並納入其他國家日前公佈的9條序列進行分子親緣比對,以瞭解目前病毒突變的狀況,更藉此想找出病毒的來源。
自四月中加拿大科學家率先發表SARS病毒基因序列以來(詳見Sciscape新聞—SARS病毒基因解碼),其他SARS研究團隊也陸續公佈自己國內的SARS病毒序列,台灣則是由台灣大學於數日前公佈台灣第一條完整的SARS病毒序列。在這些研究團隊中,以新加坡基因體研究所的研究進度最為迅速,他們不但自行解出五條不同SARS患者的病毒序列,並且完成與其他團隊發表之病毒序列的比對分析工作。
目前NCBI網站上已經公佈有14條SARS病毒完整序列(新加坡5條、香港2條、中國5條、美國1條、加拿大1條),新加坡的科學家針對這已知的14條序列進行比對,期望從序列的變異程度得到一些訊息。科學家初步分析發現在這14條序列中只有127個位置發生核甘酸變異,而其中94個造成胺基酸改變,突變數目不到整個病毒序列的0.5%。在這127個變異位置只有16個位置的變異存在兩條以上的序列,這表示多數的核甘酸變異屬於病毒自發性的突變,因此科學家只利用這16個變異位置來分析病毒演化的親緣關係。科學家在比對這幾個關鍵的變異位置中認為這14條序列可以被分為兩種基因型,其中一種包含新加坡5條、香港1條、美國1條、加拿大1條共8條序列,這8個患者SARS目前已經知道與香港九龍京華酒店的傳染有關,都是被一名來自廣東的旅客所感染;至於另外6條的來源則集中於中國的北京與廣東。科學家根據分子標記與流行病學的研究結果均共同指向廣東就是這次SARS傳染的發源地。
至於我們擔心病毒是否快速變異這件事,科學家根據分析結果認為病毒應該已經適應與人類共存的環境,因此短時間內病毒應該不會有病毒變種產生,不過對於已知的127個變異對於病毒的功能是否有影響,科學家認為還需要再深入探討。對於「病毒未快速變異」這件事,科學家覺得有如雙刃劍有好有壞,在壞的一方面是我們不能期望病毒會因為突變導致毒性減弱而降低死亡率,但是好的一面是科學家發展的疫苗將不用擔心病毒快速突變而失去效用。
從SARS病毒發現至今不過一個多月,相關的研究工作已如火如荼的展開中,雖然所有的基因序列已被解出,但是想瞭解每個基因所表現蛋白的功能,看來還有很長的路要走。
原始論文
Ruan YJ et al. Comparative full-length genome sequence analysis of 14 SARS coronavirus isolates and common mutations associated with putative origins of infection. The Lancet, Published online May 9,
http://image.thelancet.com/...4454web.pdf (2003)
--參考來源:
The Lancet: Comparative analysis of the SARS coronavirus genome: a good
Science: Hungry for Details, Scientists Zoom In on SARS Genomes