原台南運河安平海關於2003年5月13日指定為市定古蹟，2004年納入安平港國家歷史風景區計劃，2005年2月整修完成，設置運河博物館，配合府城行春活動，農曆春節初一至初五上午9點至下午5點開放免費參觀。

運河博物館內展場以運河歲月老照片、先民漁船、漁具模型、舊安平海關模型為主要展示品；另規畫一間放映室播放運河歷史影片。運河博物館外庭園綠草如蔭、花紅紫綠，是一個很美的休憩場所，歡迎民眾春節期間到此走走逛逛，可能會意外發現老照片上的主角竟然就是自己哦！

運河博物館建於日據時代，是一棟很美的木構建物，是昔日商船進出安平港的關卡，進口商船貨物必須在此停泊繳交關稅；後因歷史歲月流逝，一度變成廢墟；如今整修完成原貌再現，更增添一份古典美。


該運河博物館在短暫一個月內籌設完成，市府文化局感謝文獻委員鄭道聰老師及國立台南海事水產職業學校大力協助，使得本館能在春節期間試著開放。惟礙於人力不足，日後將依蚵灰窯文化館榮譽志工管理模式，由石門、喜樹、崇學三國小教師及各界志工輪值管理、導覽解說。平常只有週六、週日上午9時至下午5時開放，免費參觀。本館位於安億橋下，地址為安平路97之15號。